Τρεις δικογραφίες έχουν σχηματιστεί σχετικά με τις ευθύνες για τον βασανισμό, την εξαφάνιση και τελικά τον άδικο χαμό του Βαγγέλη Γιακουμάκη, καθώς παραμένουν ακόμη τα αναπάντητα ερωτήματα στην υπόθεση που είχε συγκλονίσει το πανελλήνιο.
Η ανακρίτρια που έχει αναλάβει την υπόθεση εξετάζει καθημερινά αυτόπτες μάρτυρες που σχετίζονται με την υπόθεση, ενώ για τους τραμπουκισμούς κατά του Βαγγέλη Γιακουμάκη, απαγγέλθηκαν κακουργηματικές κατηγορίες σε επτά φοιτητές της Γαλακτοκομικής Σχολής Ιωαννίνων για επικίνδυνες σωματικές βλάβες κατ’ εξακολούθηση από κοινού και για παράνομη βία κατ’ εξακολούθηση από κοινού.
Η δεύτερη δικογραφία έχει σχηματιστεί για παράβαση καθήκοντος σε βάρος του τότε διευθυντή της Γαλακτοκομικής Σχολής Ιωαννίνων και της υπεύθυνης της Εστίας, οι οποίοι έκτοτε έχουν αντικατασταθεί.
Ο τότε διευθυντής της σχολής πάντως, αν και παραδέχτηκε ότι δεν είχε ενημερώσει την κεντρική διοίκηση του Ελληνικού Γεωργικού Οργανισμού «Δήμητρα» για όσα συνέβαιναν στην σχολή και ότι δεν απέβαλε έναν από τους Κρητικούς που πρωταγωνιστούσε στα επεισόδια από δικό του λάθος, αρνήθηκε ότι οποιαδήποτε απόφασή του επηρεάστηκε από πολιτική παρέμβαση.
Μια τρίτη δικογραφία, όπως αναφέρεται σε δημοσίευμα της Καθημερινής, έχει σχηματιστεί και για τις ευθύνες της νέας διοίκησης της σχολής. Σύμφωνα με τα όσα έχουν καταθέσει η υπεύθυνη της Εστίας, μια διοικητική υπάλληλος, μια καθηγήτρια, αλλά και δύο φοιτητές, υπήρξαν πολιτικές παρεμβάσεις για να προστατευτούν οι Κρητικοί σπουδαστές που φέρονται να βασάνιζαν τον Βαγγέλη.
Η ομάδα των Κρητικών σπουδαστών βασάνιζε κι άλλους στη σχολή εκτός του Βαγγέλη Γιακουμάκη, ενώ από τις καταθέσεις προκύπτει ότι προκαλούσε φθορές και προβλήματα ακόμη και εκτός σχολής.
