O Καλονύκτης ( ή Καλονύχτης ή Καλονύκτι ή Καλονύχτι ) είναι χωριό της πρώην επαρχίας Ρεθύμνης . Βρίσκεται 15 χλμ. νοτιοδυτικά του Ρεθύμνου, με πρόσβαση από το Ρέθυμνο μέσω της παλαιάς εθνικής Ρεθύμνης – Χανίων, στρίβοντας
αριστερά στο 13,4 χλμ. Είναι κτισμένο στο λόφο Νικηφόρος. Κυριότερα προϊόντα της περιοχής είναι το λάδι, τα χαρούπια και τα κτηνοτροφικά. Έχει έκταση 2,9 τετραγωνικά χιλιόμετρα.
Σύμφωνα με την παράδοση, το χωριό, αλλά εμμέσως και ο τέως Δήμος Νικηφόρου Φωκά, οφείλουν το όνομα τους στο πιο κάτω περιστατικό: όταν ο Νικηφόρος Φωκάς εξεστράτευσε στην Κρήτη τον Μάρτιο του 961 μ.Χ., προκειμένου να την απελευθερώσει από τους Άραβες Σαρακηνούς, στρατοπέδευσε μια νύχτα στον παραπάνω λόφο, τον οποίο προηγουμένως είχε απελευθερώσει μαζί με τον παρακείμενο λόφο «Ντάμπιες», ύστερα από μάχη. Όταν ξημέρωσε, κάποιος τον ρώτησε: «Πως περάσατε την νύχτα σας;», κι εκείνος απάντησε: «Καλή νύχτα!». Έτσι, το χωριό ονομάστηκε «Καλονύχτης» και ο λόφος και η τοποθεσία, όπου στρατοπέδευσε ο Βυζαντινός στρατηγός και μετέπειτα αυτοκράτορας, ονομάστηκε «Νικηφόρος». Ο Νικηφόρος Φωκάς θεωρείται ο ιδρυτής του χωριού και υπάρχει δρόμος στο χωριό προς τιμήν του. Ωστόσο, υπάρχει και η άποψη ότι το χωριό προϋπήρχε και είχε την ονομασία Λεβεντοχώρι.
To 1879 εντάσσεται στον δήμο Ρουστίκων και το 1899 στον δήμο Ατσιποπούλου.To 1913 και τo 1920, απογράφεται στον αγροτικό δήμο Παλαιλήμνου, μαζί με το Μετόχι Μονής Προφήτου Ηλιού και τον Μύλο. Στις 31 Ιανουαρίου 1925 προσαρτάται στην κοινότητα Ρουστίκων. Στις 21 Σεπτεμβρίου 1925 αποσπάται από την κοινότητα Ρουστίκων και γίνεται έδρα κοινότητας, στην οποία προσαρτήθηκαν και τα χωριά Παλαίλημνος και Σαϊτούρες. Το 1927 οι Σαϊτούρες και το 1928 η Παλαίλημνος, αποσπώνται από την κοινότητα. Το 1997 εντάχθηκε στον Δήμο Νικηφόρου Φωκά και το 2010 στον Δήμο Ρεθύμνης, ως δημοτικό διαμέρισμα.
Οι πρώτοι κάτοικοι ήταν Κρητικοί, άποικοι από άλλα χωριά, κυρίως από την επαρχία Σφακίων. Οι παλιότερες οικογένειες του χωριού είναι χρονολογικά, οι Γαλεροί, οι Γιουλούντηδες, οι Μαθιουδάκηδες, οι Ηλιάκηδες, οι Χαλίκηδες, οι Σταυρουλάκηδες, οι Καλλιτσουνάκηδες, οι Ψαθάδες, οι Πατράκηδες κ.α.
Ο Καλονύκτης είναι ενορία της B΄ Αρχιερατικής Περιφέρειας της Ιεράς Μητροπόλεως Ρεθύμνης και Αυλοποτάμου, της Εκκλησίας της Κρήτης, στην οποία ανήκει και η Παλαίλιμνος Ρεθύμνης. Βενετικής περιόδου θεωρείται και η ενοριακή και παλιά διατηρητέα εκκλησία του Γενέσιου της Θεοτόκου, που βρίσκεται στο κέντρο του χωριού και εορτάζει στις 8 Σεπτεμβρίου. Η παράδοση αναφέρει, ότι την οθωμανική περίοδο, μπήκαν οι Τούρκοι για να την καταστρέψουν. Πήραν μια βαρέ [1] και χτύπησαν την Αγία Τράπεζα. Το σημάδι του κτυπήματος υπάρχει και σήμερα. Με το κτύπημα, ωστόσο, πετάχτηκαν σπίθες, ενώ παράλληλα μια μεγάλη μέλισσα εμφανίστηκε στο καμπαναριό. Οι Τούρκοι φοβήθηκαν κι έφυγαν, χωρίς να πειράξουν την εκκλησία.
Στον Καλονύχτη, εκτός από την εκκλησία της Παναγίας, υπάρχει και το παλιό εκκλησάκι, καθολικού ρυθμού, του Μιχαήλ Αρχαγγέλου, στην τοποθεσία «Μοναστηρικό Μετόχι». Ακόμη, πάνω στα ερείπια παλαιάς εκκλησίας, κτίστηκε, το 1965, η εκκλησία του Αγίου Αντωνίου. Το ίδιο έχει γίνει και με τον Άγιο Νικόλαο. Σύγχρονες εκκλησίες είναι οι φερόμενες Άγιος Νεκτάριος και Άγιος Ανδρέας ο Κρης.
