Παραδοσιακά, αρκετά από τα μεγάλα νησιά των Κυκλάδων συνδέονται με το Ηράκλειο με ακτοπλοϊκά δρομολόγια που εκτελούνται κυρίως την θερινή περίοδο.
Το 2018 ορισμένα νησιά του νομού θα αποκτήσουν σύνδεση και με το Ρέθυμνο μέσω του Sifnos Jet, απόκτημα της εταιρίας Seajeats, το οποίο θα ξεκινήσει δρομολόγια το προσεχές καλοκαίρι.
Το βασικό καθημερινό δρομολόγιο του ταχυπλόου θα είναι: Ηράκλειο – Σαντορίνη – Πάρο – Μύκονο και θα ξεκινήσει από την 1η Ιουνίου έως τις 30 Σεπτεμβρίου.
Ωστόσο, σύμφωνα με το cyclades24.gr, δύο φορές την εβδομάδα, κάθε Τρίτη και Σάββατο το Sifnos Jet θα προσεγγίζει και το λιμάνι του Ρεθύμνου, συνδέοντας τα τρία νησιά των Κυκλάδων και με δεύτερο νομό της Κρήτης.
