Στα μέσα του 14ου αιώνα και μετά ανήκει ο ναός του Αγίου Νικολάου στον οικισμό Βάτος του δήμου Αγίου Βασιλείου Ρεθύμνου.
Στο συμπέρασμα αυτό κατέληξαν οι αρχαιολόγοι που πραγματοποίησαν τις εργασίες αποκατάστασης και ανάδειξης του αγιογραφικού ζωγραφικού πλούτου του, που εμφανίζεται στους τοίχους του και από τη μελέτη τους «στα τέλη του 19ου αιώνα με την κατεδάφιση του δυτικού τοίχου, ο ναός επεκτάθηκε κατά πέντε μέτρα περίπου προς δυσμάς».
Η εκκλησία «ανήκει στον αρχιτεκτονικό τύπο του μονόχωρου θολοσκέπαστου και αρχική κατασκευή του ανάγεται σύμφωνα με τα τεχνοτροπικά χαρακτηριστικά του τοιχογραφικού διάκοσμου μετά τα μέσα του 14ου αιώνα…». Με την επέκταση της, όπως παρατηρούν, «η κύρια είσοδος μεταφέρθηκε στη νότια πλευρά όπου και διανοίχθηκε τετράπλευρο παράθυρο, με αποτέλεσμα να καταστραφεί ένα μέρος του ζωγραφικού του διάκοσμου…»
Οι καταγραφές των τοιχογραφιών που διασώθηκαν στο εσωτερικό του ναού είναι εντυπωσιακές. Στο εσωτερικό του, λοιπόν, «έχουν διασωθεί οι απεικονίσεις του Λειτουργικού κύκλου στο χώρο του ιερού (Δέηση, Μελισμός, Συλλειτουργούντες ιεράρχες, Φιλοξενία του Αβραάμ), αλλά και του Δωδεκαόρτου, οι οποίες συνεχίζονται στον κυρίως ναό (Ευαγγελισμός, Γέννηση του Χριστού, Βάπτιση, Σταύρωση κ.λπ.).
Οι 10 παραστάσεις
Όμως, κατά τις απόψεις τους, «ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζουν οι δέκα παραστάσεις από το βίο και τα θαύματα του Αγίου Νικολάου, που κοσμούν την μεσαία ζώνη των πλάγιων τοίχων. Δηλαδή, η Γέννηση του Αγίου Νικολάου, ο Άγιος Νικόλαος στο σχολείο, ο Άγιος διασώζει πλοίο από θαλασσοταραχή, η εμφάνιση του Αγίου στον αυτοκράτορα Κωνσταντίνο, η εμφάνιση του Αγίου στον έπαρχο Αβλάβιο, οι τρείς στρατηγοί στη φυλακή, ο Άγιος Νικόλαος σώζει τους αδίκως καταδιωχθέντες, η προικοδότηση των τριών θυγατέρων, η χειροτονία του Αγίου ως διακόνου, η χειροτονία του Αγίου ως επισκόπου.
Στα κατώτερα μέρη των τοιχοποιιών απεικονίζονται οι ισαπόστολοι Κωνσταντίνος και Ελένη και μεμονωμένες μορφές εφίππων και ολόσωμων αγίων. Πολλές από τις τοιχογραφίες, διευκρινίζουν επιζωγραφίστηκαν στις αρχές του 20ου αιώνα.
